Non esiste una regola specifica. Ad esempio, se si soffre di disturbi intestinali, potrebbe essere meglio iniziare con il programma intestinale. Nei suoi primi libri, la Dr.ssa Clark raccomandava di iniziare con la pulizia dei parassiti, seguita dalla pulizia dei reni e poi dalla pulizia del fegato e infine dal programma intestinale. Tuttavia, nei libri più recenti, faceva iniziare i suoi pazienti con la pulizia dei reni ed eliminare i batteri epatici assumendo prima il tè per il fegato, prima della pulizia dei parassiti.
