Es gibt keine feste Regel. Bei Darmerkrankungen zum Beispiel könnte es am besten sein, mit dem Darmprogramm zu beginnen. In ihren ersten Büchern empfahl Dr. Clark, mit der Parasitenreinigung zu beginnen, gefolgt von der Nierenreinigung und dann der Leberreinigung und schließlich dem Darmprogramm. In neueren Büchern ließ sie ihre Patienten jedoch mit der Nierenreinigung beginnen und zunächst ihre Leberbakterien durch den Lebertee ausleiten, bevor die Parasitenreinigung erfolgte.