Não existe uma regra específica. Por exemplo, se alguém tiver distúrbios intestinais, pode ser melhor começar pelo programa intestinal. Nos seus primeiros livros, a Dra. Clark recomendava começar pela limpeza de parasitas, seguida da limpeza dos rins e depois da limpeza do fígado e, por fim, do programa intestinal. No entanto, em livros mais recentes, fazia com que os seus pacientes começassem pela limpeza dos rins e eliminassem as suas bactérias hepáticas tomando primeiro o chá para o fígado, antes da limpeza de parasitas.
